O jogo se iniciará com Desmond Miles no presente, após os eventos de Revelations, onde ele usará a nova versão 3.0 do Animus para se ligar a Connor, um dos seus vários ancestrais assassinos. 

Connor é um mestiço de pai britânico e mãe indígena, criado na tribo dos Mohawks que é atraído para a luta contra a tirania, quando a sua casa é atacada por colonos brancos. O jogo irá decorrer entre 1753 e 1783, onde a guerra entre os Assassinos e os Templários se mudou para a América Colonial e é focada na Revolução Americana, durante a Guerra da Independência quando os Estados Unidos se libertaram do domínio britânico. Será mostrado um lado mais balanceado da eterna guerra com os templários, pois, de acordo com a Ubisoft, eles (os templários) não são "os bandidos", e realmente acreditam que estão fazendo a coisa certa. O assassino irá interagir com figuras históricas como George Washington, Benjamin Franklin e Charles Lee, participando em grandes momentos da história americana, como o Grande Fogo de Nova Iorque (1776) ou o Inverno de Vale Forge